Cílem doktorského studia je připravit kvalifikované vědecké pracovníky v oboru českých a československých dějin, kteří se stanou oporou dalšího historického výzkumu. Základní studijní orientaci studenta určuje jeho odborný zájem úzce související s tematickým i chronologickým zaměřením zpracovávané disertační práce. V tomto kontextu se student od počátku orientuje na středověk, raný novověk, 19. či 20. století a na tomto podkladu je též koncipován jeho studijní plán i další studijní i vědecko-výzkumné povinnosti. Studium prohlubuje odborné znalosti doktorandů a poskytuje jim hlubší poznání v rámci zvolených specializací a směřuje ke kvalitnímu poznání možností pramenné základny, její interpretace a rovněž k aktivní reflexi aktuálních výsledků domácího i zahraničního studia dané problematiky. Formou přednášek a seminářů jsou doktorandi seznamováni s nejnovějšími poznatky historické vědy, stejně jako s aktuálními trendy v metodologii. Těžiště doktorského studia spočívá v sepsání doktorské práce, původního vědeckého díla vycházejícího z originální pramenné základny. Doktorská práce by měla rozšířit poznatky dosavadního bádání a zároveň doložit doktorandovu schopnost zvládnout zvolené téma adekvátními metodami a na mezinárodní úrovni.