Absolventi magisterského studijního programu Biotechnologie mají široké znalosti o základních biologických procesech v buňkách a organismech a o způsobech aplikace těchto znalostí v technologii. Má znalosti ze všech důležitých oblastí molekulární biologie, ovládá molekulární mechanismy replikace a exprese genetické informace v prokaryotických i eukaryotických systémech, zná vztah mezi strukturou a funkcí biomakromolekul a rozumí regulaci buněčných procesů na molekulární úrovni. Absolvent má znalosti z lékařských, farmaceutických, zemědělských, potravinářských a environmentálních biotechnologií. Mají teoretické i praktické znalosti výzkumných metod především z molekulární biologie, ale v přiměřené míře i z dalších příbuzných oborů, jako je mikrobiologie, genetika, biochemie, imunologie, ale i bioinformatické zpracování dat. Na základě absolvovaných praktických cvičení a řešení diplomové práce ovládá experimentální techniky molekulární biologie, včetně metod detekce nukleových kyselin a proteinů, přípravy rekombinantní DNA, exprese proteinů, sekvenování nukleových kyselin a vyhodnocování sekvenačních dat. Ovládají principy vědecké práce, dokáží kriticky přijímat informace z odborné literatury, jsou schopni plánovat a vyhodnocovat experimentální postupy a vykazovat dostatečnou míru syntetického myšlení. Absolvent je schopen experimentálně pracovat ve většině výzkumných a vývojových týmů řešících výzkum v oblasti biologických a biomedicínských věd a také v diagnostických laboratořích v oblasti molekulární biologie, genetiky, biochemie a mikrobiologie. Zná základy legislativních procesů, které jsou spojeny s citlivými oblastmi lidského života, jako je ochrana lidského zdraví, bezpečnost potravin a zajištění prostředí se stabilní biodiverzitou s ohledem na udržitelný rozvoj při využívání přírodních zdrojů. V oblasti ochrany zdraví se jedná o legislativu spojenou s registrací účinných farmaceutických látek a léčiv. V oblasti bezpečnosti potravin a ochrany životního prostředí absolventi chápou význam regulace používání geneticky modifikovaných organismů v zemědělství a potravinářství. Zná principy patentové ochrany duševního vlastnictví a principy podnikání biotechnologických společností. Absolventi mohou přehledně interpretovat své výsledky a prezentovat své výsledky formou přednášek a posterů na domácích i mezinárodních konferencích a v publikacích přijatelných vědeckými časopisy registrovanými v databázích Current Contents Connect, Web of Knowledge a Scopus, jakož i v patentových přihláškách.
V prvním ročníku magisterského studia je cílem studia odstranit rozdíly, které mohou mít studenti v důsledku stále aktuálnější reality vstupu do různých biologicky orientovaných bakalářských programů (a různých škol). Následně, na základě dosavadních poznatků, je cílem dosáhnout pokročilejších znalostí, rozvíjet praktické laboratorní dovednosti a zkušenosti. Jednotlivé předměty a jejich záběr jsou voleny tak, aby tvořily kompromis mezi dostatečně širokým budováním teoretických poznatků biotechnologie a molekulární biologie a praktické zkušenosti a návyky experimentálních metod. Pro rozšíření znalostí o biotechnologii jsou hlavními předměty v magisterském studiu Biotechnologie 2, Agrobiotechnologie a environmentální biotechnologie, Farmaceutická biotechnologie a Biotechnologie a biomedicína. V těchto letech získá student reálný obraz o nejnovějších výzkumných trendech v jednotlivých oblastech biotechnologií na Slovensku i ve světě. Přednášky jsou postaveny jako řešení problému – projekt, který vede studenta nikoli k učení faktů, ale k hledání metodologických přístupů, jak odhalit fungování současných biotechnologií. Za účelem rozšíření znalostí molekulární biologie zahrnuje magisterský titul pokroky molekulární biologie, pokroky molekulární biologie 2 a proteiny. Patřičný důraz je kladen také na získání znalostí o nových instrumentálně orientovaných metodách v molekulární biologii, což je úkolem předmětů Pokročilé metody molekulární biologie a Vysoce paralelní sekvenování a analýza dat. Důležitou součástí vzdělávání v oboru jsou předměty zaměřené na legislativu a podnikání v oblasti biotechnologií: Legislativa a biologická bezpečnost biotechnologií, Ochrana duševního vlastnictví v biotechnologii a Management a ekonomika biotechnologických společností. Pro získání vyšší specializace má student možnost zvolit si povinně volitelné předměty jako Molekulární imunologie, Genomika člověka, Výpočetní genomika, Pokročilé metody analýzy DNA při identifikaci a typizaci organismů, Molekulární biologie patogenních bakterií a volitelné předměty. Podpůrnou roli pro získání lepších znalostí o biotechnologickém a molekulárně-biologickém výzkumu ve Slovenské republice plní předměty Vybrané kapitoly z molekulární biologie a Vybrané metody z molekulární biologie. Upevnění znalostí a rozvoj nezávislého vědeckého myšlení budou dosahovat studenti na seminářích věnovaných jednotlivým přednáškovým kurzům. Pro rozšíření praktických experimentálních dovedností je zvýšená pozornost věnována také praktickým cvičením z předmětů Pokročilá cvičení z biotechnologie, Cvičení z metod molekulární biologie a zejména Cvičení k diplomové práci 1, 2 a cvičení diplomantů 1,2.

Absolventi magisterského studijního programu Biotechnologie Přírodovědecké fakulty Univerzity Komenského mají předpoklady pro úspěšné uplatnění v pracovním týmu v širokém spektru vědeckých, výzkumných a výrobních institucí zaměřených na základní a aplikovaný výzkum, který využívá biotechnologie jako hlavní předmět výzkumu nebo pouze jako nástroj pro výzkum v jiných oblastech. Na základě předchozích zkušeností více než čtvrtina pokračuje v doktorském studiu nejen v oblasti biotechnologií, ale i v příbuzných oborech. Kromě uplatnění v biologickém a biomedicínském, základním a aplikovaném výzkumu mají absolventi možnost uplatnit se v biotechnologickém průmyslu. Absolventi mohou zastávat pozici výzkumných pracovníků ve výzkumných týmech a po získání praxe vedoucí menších kolektivů. Jsou schopni podílet se na návrhu a zpracování žádostí o vědecké projekty a granty, kriticky analyzovat dosažené výsledky ostatních při přípravě hodnocení a hodnocení v oblasti základního i aplikovaného výzkumu. Absolventi se mohou uplatnit také na pracovištích ministerstev zdravotnictví (biochemické, genetické a mikrobiologické laboratoře, specializovaná pediatrická oddělení, oddělení soudního lékařství), soukromých subjektů poskytujících analýzy založené na diagnostice DNA, životního prostředí (hodnocení rizik při práci s GMO, hodnocení a hledání řešení znečištění životního prostředí) a potravinářského a zemědělského průmyslu (hodnocení bezpečnosti potravin a vlivu pěstování GMO plodin mimo laboratoře, ale také ve stísněných prostorách).
Profil absolventa ukazuje, že absolventi, na základě svých schopností myslet synteticky a komplexně, mohou zastávat pozice v poradních orgánech, které určují nebo ovlivňují směr a strategii rozvoje biotechnologických společností. Absolventi využívající svůj inovační potenciál jsou připraveni zakládat a řídit menší společnosti, jako jsou start-upy nebo spin-offy.