Absolventi studijního programu Botanika doplňují spektrum předmětů v jednotlivých oborech botaniky a zpracovávají vědecky orientovanou diplomovou práci v oblasti algologie, bryologie, mykologie, taxonomie, systematiky a fylogeneze rostlin, fytocenologie, environmentální a indikační botaniky a aeropalynologie. Výsledky jeho tvůrčí a experimentální práce přispějí nejen k rozvoji botanické vědy a vědeckých poznatků, ale budou také použitelné v oblasti zemědělství, lesnictví a medicíny; Budou použity při ochraně fytogenového fondu, při řízení a tvorbě životního prostředí. Absolventi studijního programu Botanika budou schopni kriticky analyzovat, pružně se rozhodovat a inovativně přistupovat k řešení akutních problémů konkrétních botanických oborů. Mohou efektivně pracovat jak jako jednotlivci, tak jako členové vědeckého týmu. Bude ekologicky a informačně gramotný; Umí pracovat s domácí i cizojazyčnou literaturou, digitálními zdroji a databázemi. Jsou schopni formulovat výsledky, závěry a doporučení vlastního výzkumu a interpretovat je ústně nebo písemně před odbornou veřejností. Absolventi najdou široké uplatnění zejména v botanicky orientovaných odvětvích, například v lesnictví, zahradnictví, zemědělství nebo ochraně přírody. Mají možnost zaměstnávat nebo samostatně podnikat v muzeích, arboretech, orgánech veřejného zdraví, vodohospodářských ústavech, agenturách a společnostech zabývajících se kvalitou, udržitelností a ekologickou slučitelností životního prostředí nebo se aktivně podílet na vědeckém a vzdělávacím procesu na vysokých školách, akademických a jiných výzkumných institucích. Jsou konkurenceschopní díky své odborné činnosti a jsou schopni rozvíjet a implementovat aktuální požadavky institucí na trhu práce.

Absolventi studijního programu Botanika v současné době pracují na různých pozicích, kde aktivně uplatňují znalosti a dovednosti získané během studia. Absolventi nacházejí uplatnění jako odborníci v muzeích, arboretech, orgánech ochrany přírody, správách národních parků a chráněných krajinných oblastech. Pracují ve státní a veřejné správě, soukromých společnostech a agenturách zabývajících se kvalitou a udržitelností životního prostředí nebo v orgánech veřejného zdraví. Vědecky a výzkumně orientovaní absolventi, kteří absolvují III. stupeň studia botaniky, uspějí jako vědci na univerzitách a vysokých školách (např. Univerzita Komenského, Univerzita Mateja Bela, Medizinische Universität Wien), v ústavech Slovenské akademie věd (např. Centrum biologie a biodiverzity rostlin) nebo v sektorových výzkumných ústavech vodohospodářských, zemědělských a lesnických.