Absolventi studijního programu Molekulární biologie mají znalosti a praktické dovednosti v celém spektru molekulární biologie. Ovládají metody výzkumu a vývoje s využitím vědeckých poznatků především z molekulární biologie, ale v přiměřené míře i dalších příbuzných oborů, jako je mikrobiologie, genetika, biochemie, imunologie, ale i zpracování bioinformatických dat. Ovládají experimentální techniky molekulární biologie, umí je experimentálně implementovat a následně vyhodnocovat. Ve své práci je schopen aplikovat moderní vědecké postupy a vykazuje dostatečnou míru syntetického myšlení. Absolvent zná principy vědecké práce, je schopen experimentálně pracovat ve většině výzkumných a vývojových týmů řešících výzkum v oblasti biologických, biomedicínských věd. Zná také základy legislativních procesů, které jsou spojeny s citlivými oblastmi lidského života, jako je ochrana lidského zdraví, zajištění nezávadných potravin a zajištění prostředí se stabilní biodiverzitou s ohledem na udržitelný rozvoj při využívání přírodních zdrojů. V oblasti ochrany zdraví se jedná o legislativu spojenou s registrací účinných farmaceutických látek a léčiv. V oblasti bezpečnosti potravin a ochrany životního prostředí absolventi chápou význam regulace používání geneticky modifikovaných organismů v zemědělství a potravinářství. Absolventi mohou jasně interpretovat své výsledky a transformovat je do publikací přijatelných časopisy z databáze Current Contents Connect, WoS/Clarivate, Scopus i patentových přihlášek.
V prvním ročníku magisterského studia je zaměřeno na odstranění rozdílů, které mohou mít studenti v důsledku stále častější skutečnosti vstupu z různých biologicky zaměřených bakalářských studijních programů (i různých škol). Následně na základě dosavadních znalostí dosáhnout pokročilejších znalostí, rozvíjet praktické laboratorní dovednosti a zkušenosti. Jednotlivé předměty a jejich záběr jsou voleny tak, aby tvořily kompromis mezi dostatečně širokým budováním teoretických poznatků molekulární biologie a praktickými zkušenostmi a zvyklostmi experimentálních metod. Pro rozšíření znalostí molekulární biologie jsou hlavními předměty v magisterském studiu "Pokroky molekulární biologie 1", "Pokroky molekulární biologie 2". V těchto letech získá student realističtější představu o nejnovějších výzkumných projektech a studovaných oblastech molekulární biologie na Slovensku i ve světě. Přednášky jsou postaveny jako řešení problému – projekt, který vede studenta nikoli k učení faktů, ale k hledání metodologických přístupů k odhalení molekulární podstaty problému v různých oblastech biologického výzkumu. Cílem předmětu Molekulární genetika člověka je poskytnout ucelený přehled poznatků a metodologických přístupů jednotlivých oblastí lidské genomiky a genomiky s důrazem na nejzajímavější výsledky a současné trendy v této oblasti. Zároveň je cílem přednášek upozornit studenty na aktuální výzvy a problémy lidské genomiky, z nichž vybrané slouží jako zadání pro přípravu odborných esejů. Předmět "Molekulární imunologie" poskytuje ucelený pohled zejména na molekulární mechanismy adaptivní imunity. Důraz je kladen na pochopení molekulárních mechanismů rozpoznávání patogenních agens imunitním systémem a efektorových mechanismů zajišťujících obnovu a trvalé udržování homeostázy organismu, imunologické paměti. Předmět "Regulace a exprese genů v eukaryotických buňkáchCH" poskytuje vysoce odborné informace od špičkových odborníků s praktickými zkušenostmi z evropského biomedicínského výzkumu. Pro získání vyšší specializace má student možnost zvolit si povinně volitelné předměty jako "Genomika člověka", "Výpočetní genomika" a "Molekulární biologie patogenních bakterií" nebo volitelné předměty. Podpůrnou roli pro získání lepších znalostí o molekulárně-biologickém výzkumu ve Slovenské republice plní předměty "Vybrané kapitoly z molekulární biologie" a "Vybrané metody z molekulární biologie". Patřičný důraz je kladen také na získání znalostí o nových převážně instrumentálně orientovaných metodách v molekulární biologii, což je úkolem předmětů "Vysoce paralelní sekvenování a analýza dat" a "Pokročilé metody analýzy DNA při identifikaci a typizaci organismů". Pro rozšíření praktických experimentálních dovedností je zvýšená pozornost věnována také praktickým cvičením z předmětů "Cvičení z metod molekulární biologie", "Pokročilá cvičení v biotechnologii" a zejména "Diplomová práce 1, 2, 3 a 4".

Absolventi magisterského programu Molekulární biologie Přírodovědecké fakulty Univerzity Komenského mají předpoklady pro úspěšné uplatnění v pracovním týmu v širokém spektru vědeckých, výzkumných a výrobních institucí zaměřených na základní a aplikovaný výzkum, který využívá molekulární biologii jako hlavní předmět výzkumu nebo pouze jako nástroj pro výzkum v jiných oblastech. Na základě předchozí praxe více než čtvrtina pokračuje v doktorském studiu nejen v oboru molekulární biologie, ale i v příbuzných oborech. Kromě uplatnění v biologickém a biomedicínském, základním a aplikovaném výzkumu mají absolventi možnost uplatnit se v biotechnologickém průmyslu. Absolventi mohou zastávat pozici výzkumných pracovníků ve výzkumných týmech a po získání praxe vedoucí menších kolektivů. Jsou schopni podílet se na návrhu a zpracování žádostí o vědecké projekty a granty, kriticky analyzovat dosažené výsledky ostatních při přípravě hodnocení a hodnocení v oblasti základního i aplikovaného výzkumu. Absolventi se dále uplatní na pracovištích ministerstev zdravotnictví (biochemické a genetické laboratoře, specializovaná pediatrická oddělení, oddělení soudního lékařství), soukromých subjektů poskytujících analýzy založené na diagnostice DNA, životního prostředí (hodnocení rizik při práci s GMO, hodnocení a hledání řešení znečištění životního prostředí) a potravinářského a zemědělského průmyslu (hodnocení bezpečnosti potravin a dopadu pěstování GMO plodin mimo laboratoře, ale i v uzavřeném prostoru). Profil absolventa ukazuje, že absolventi, na základě svých schopností myslet synteticky a komplexně, mohou zastávat pozice v poradních orgánech, které určují nebo ovlivňují směr a strategii rozvoje biotechnologických společností. Absolventi využívající svůj inovační potenciál jsou připraveni zakládat a řídit menší společnosti, jako jsou start-upy nebo spin-offy.