Profil absolventa je založen na znalostech klasické ekologie a reálné potřebě praktické ochrany životního prostředí z hlediska udržitelnosti a zmírňování dopadů současných environmentálních problémů na lidský život. Biocentrický pohled (jako jediný v rámci environmentálních magisterských studijních programů na fakultě) klade zvláštní důraz na živé složky ekologických systémů (včetně člověka) a jejich intenzivní interakci s abiotickým prostředím. V rámci profilu absolventa je kladen důraz na ochranu biodiverzity (druhová a územní ochrana s vhodnými managementovými opatřeními přímo v terénu), detekci a zmírňování environmentálních rizik na biotu (vliv různých látek na živé organismy, bioindikační potenciál organismů na několika úrovních, environmentální biotechnologie) a environmentální udržitelnost společnosti s ohledem na ochranu a péči o krajinu. Tyto tři základní pilíře profilování absolventů se plynule prolínají a podtrhují potřebu porozumět ekologickému systému jako celku. Absolvent je schopen vnímat prostředí jako neustále se vyvíjející systém (dlouhodobý – vývojový i krátkodobý – např. sukcese). Za prvé, funkčním propojením jeho složek; základní mechanismy dynamické ekologické stability, v neposlední řadě prostřednictvím potřeby racionálního využívání přírodních zdrojů. Nedílnou a nesmírně důležitou součástí programu je samotná aplikace získaných poznatků do praxe (i prostřednictvím stáže) na několika úrovních. Z tohoto důvodu absolvent získá důležitý přehled a vhled do legislativních a rozhodovacích mechanismů v oblasti plánování a posuzování vlivů lidské činnosti na životní prostředí.
Absolventi programu Ekologie a ochrana životního prostředí jsou mimo jiné schopni: - poskytovat, koordinovat a interpretovat základní analýzy jednotlivých složek životního prostředí se zvláštním biocentrickým a antropocentrickým nádechem, - vnímat základní ukazatele ekologického systému z funkčního propojení jeho složek, dynamiky,
stability nebo toku hmoty a energie (bioindikátorový aspekt),
- identifikovat prostřednictvím základních laboratorních dovedností a metod ekologického in situ a ex situ výzkumu environmentální rizika v krajině, stav, dynamiku a narušení ekologických systémů, určit stupeň antropogenních vlivů, stresu a narušení životního prostředí, - zajistit a zpracovat možnosti zachování biodiverzity,
od jejích genetických aspektů (fitness populace ekozomonik) až po celé ekologické systémy (hledisko prostorové ochrany),
- provádět a vyhodnocovat monitoring životního prostředí a na základě bioindikačního potenciálu organismů navrhovat možnosti ochrany lidského zdraví, - připravovat a řídit projekty aplikovaného ekologického a environmentálního výzkumu, - aktivně se podílet na plánování,
ochraně a péči o krajinu v rámci legislativy a širokého spektra rozhodovacích procesů ve státní správě a samosprávě.
Poměrně široký a komplementární profil absolventa vede k významným příležitostem pro uplatnění v širokém spektru profesí v oblasti ekologie a ochrany životního prostředí. V rámci národního profesního systému lze potenciál primárně definovat v rámci státní správy a samosprávy (Sektorová rada pro veřejné služby a správu), zejména v oblasti odborníků na ochranu přírody a životního prostředí za podmínek stanovených v rozsahu zákona č. 525/2003 Sb., o státní správě péče o životní prostředí, a to i v souvislosti s příslušnými právně závaznými akty Evropské unie. V těchto záměrech můžeme vnímat možnosti uplatnění zejména v oblasti ochrany biodiverzity (druhová a územní ochrana včetně mezinárodních úmluv), posuzování vlivů lidské činnosti na životní prostředí, plánování, ochrany a péče o krajinu či identifikace a zmírňování dopadů environmentálních rizik na lidský život. V rámci své působnosti a působnosti orgánu státní správy pro tvorbu a ochranu životního prostředí zaujímají absolventi funkce odborníků vydávajících souhlasy, prohlášení, stanoviska a rozhodnutí, jakož i podílení se na provádění revizí chráněných území nebo udělování výjimek v rámci ochrany přírody a krajiny. Kompetence získané absolvováním programu jsou také nezbytné pro zaměstnání v lukrativním soukromém sektoru, včetně nakládání s odpady, prevence a nápravy škod na životním prostředí, ekologických zátěží nebo odpadních vod. Zkušenosti se zaměstnáváním absolventů samozřejmě koketují i s oblastí vědy a výzkumu v oblasti ekologických a environmentálních disciplín. V oblasti vzdělávání jsou pracovní místa k dispozici v rámci environmentálního vzdělávání a podpory přírody a ochrany životního prostředí.