Absolventi druhého stupně programu Biochemie jsou schopni řešit standardní biochemické problémy a kreativně aplikovat své znalosti do praxe. Během studia získají komplexní teoretické znalosti v oblasti biochemie a příbuzných vědních oborů a jsou schopni používat přístrojové vybavení, laboratorní vybavení a výpočetní techniku, které jsou klíčové v moderním biochemickém výzkumu. Při přípravě diplomové práce si absolvent osvojil návyky pro samostatnou práci v biochemické laboratoři, analýzu výsledků vlastní experimentální práce, na jejímž základě je schopen formulovat a ověřovat hypotézy a navrhovat praktická řešení studovaných problémů. Jsou schopni analyzovat problémy a příležitosti, které se otevírají ve výše uvedených oblastech, a to jak ve veřejném, tak v soukromém sektoru s výzkumnou orientací.

Absolventi magisterského oboru biochemie jsou kvalifikováni pro výkon povolání biochemika, vědecko-výzkumného, pedagogického a manažerského pracovníka v oblasti biochemie, biotechnologií a biomedicínského výzkumu v širokém spektru profesí na pracovištích v rámci Slovenské akademie věd, vysokých škol, zdravotnictví, zemědělství a lesnictví, potravinářského, chemického a farmaceutického průmyslu, životního prostředí, společností obchodujících s chemickými látkami a laboratorními materiály atd. Vzhledem k interdisciplinárnímu charakteru oboru a širokým znalostem může absolvent snadno najít uplatnění jako chemik v jiných profesích a jako biolog, kde je vyžadován přesný přístup a laboratorní dovednosti.

Jsou kvalifikováni k přímému výkonu povolání, například jako:

- výzkumný pracovník v oblasti biochemie, biotechnologie a biomedicínského výzkumu,- klinický biochemik - laboratorní diagnostika
- biochemik
v provozních a vývojových laboratořích v potravinářském a farmaceutickém průmyslu, v zemědělských a veterinárních zařízeních, v biotechnologických společnostech - biochemik ve společnostech
obchodujících s farmaceutickými, potravinářskými,
agrotechnickými a biotechnologickými produkty.

Podle statistických údajů MŠMT Slovenské republiky o zaměstnávání absolventů středních a vysokých škol od roku 2019 pro absolventy studijních programů Chemie a biochemie Přírodovědecké fakulty Univerzity Komenského je 71 % studentů zaměstnáno ve svém oboru, 4 % pracují na základě dohody a 25 % pokračuje ve studiu. Pro zaměstnávání absolventů jsou uvedeny 3 špičkové sektory: zdravotnictví a sociální služby (44%), odborné, vědecké a technické činnosti (25%) a průmyslová výroba (13%). Ekonomicky aktivní absolventi byli 0% nezaměstnaní a trvalo 23 dní, než našli stálé zaměstnání. Biochemie je moderní neustále se rozvíjející interdisciplinární obor, jehož výsledky jsou důležité nejen v oblasti chemie a biologie. Vzhledem k tomu, že biochemie je dnes nejrychleji se rozvíjející částí chemie a biologie a budoucnost technologie je obecně vidět v biotechnologii, naše ekonomika bude schopna absorbovat neomezený počet absolventů. Rozvoj oboru je úzce spjat s odvětvími, která jsou v primární sféře zájmu vědeckého a technologického rozvoje, jako je zdravotnictví, výživa a biotechnologie.