Studijní program Organická a bioorganická chemie je vybudován v širokém spektru tak, aby získané znalosti a dovednosti umožnily absolventům najít co nejširší uplatnění v praxi.
Absolventi studijního programu Organická a bioorganická chemie mají všechny potřebné znalosti organické chemie (klíčové předměty: Struktura a reaktivita organických látek, Mechanismy organických reakcí, Stanovení struktury organických látek a předměty zahrnující práci v organické laboratoři) pro další vzdělávání ve 3. stupni vysokoškolského studia (PhD), zejména v oboru Organická chemie. Absolvent má však také dostatečné všeobecné znalosti z chemie a specializované znalosti z organické a biologické chemie pro doktorské studium v příbuzných oborech, jako je lékařská chemie, biochemie nebo makromolekulární chemie.
Absolventi studijního programu mají výborné znalosti organické syntézy (předměty: Pokročilá organická syntéza, Mechanismy organických reakcí, Stereoselektivní syntéza) a širokou škálu experimentálních dovedností (předměty: Pokročilé cvičení, Speciální seminář a cvičení, Seminář a cvičení diplomů, Odborná praxe), které jim umožňují pracovat v organických syntetických a analytických laboratořích v různých odvětvích průmyslu, jakož i výzkumu a vývoje. Znalosti chemie organokovových a materiálů (předměty: Chemie organokovových sloučenin, Materiálová organická chemie) umožňují absolventům uplatnit se i ve vývoji a výzkumu zaměřeném na anorganickou chemii a nové materiály. Získané znalosti z fyzikální organické chemie (předměty: Struktura a reaktivita organických látek, Supramolekulární chemie, Výpočetní organická chemie a Stanovení struktury organických látek) jsou předpokladem pro uplatnění i v oblastech vyžadujících fyzikálně-chemické znalosti. Znalost zákonitostí katalýzy organických reakcí včetně asymetrické katalýzy (předměty: Struktura a reaktivita organických látek, Mechanismy organických reakcí, Asymetrická katalýza) poskytuje absolventům výborné předpoklady pro uplatnění v chemickém a farmaceutickém průmyslu. Možnost uplatnění ve výrobní sféře chemického, farmaceutického a potravinářského průmyslu je podpořena také získáním základních znalostí z průmyslové chemie a chemické technologie (předmět: Průmyslová organická chemie). Získané poznatky z bioorganické chemie (předměty: Bioorganická chemie (1,2), Lékařská chemie-vývoj léčiv, Lékařská chemie-praktická část) umožňují absolventům uplatnit se i ve farmaceutickém a lékařském výzkumu, ať už v průmyslu nebo akademické sféře. Znalosti a dovednosti v používání výpočetních metod (předmět: Výpočetní organická chemie) jsou přidanou hodnotou ve všech výše uvedených aplikacích.
Organický chemik studuje strukturu, vlastnosti a reakce organických sloučenin s kovalentně vázaným uhlíkem. Specializuje se na jejich izolaci z různých zdrojů, případně syntézu organických látek a nových materiálů inovativními a netradičními metodami syntézy. Ve své práci používá různé separační metody k čištění produktů a používá různé analytické a fyzikální metody k určení struktury a vlastností látek. Studuje inovativní směry vývoje oboru, určuje vhodné postupy a techniky pro řešení, samostatně nebo v týmu řeší zadaný projektový úkol, formuluje problémy a hypotézy. Analyzuje, interpretuje, prezentuje a publikuje výsledky výzkumu. Podílí se na aplikaci výsledků v jiných vědních oborech a v ekonomické praxi. Je tvůrčím pracovníkem nejen ve výzkumu, technologické praxi, ale i v dalších oblastech aplikace organické chemie. Výkony, případně pokrmya vysoce odborná vědecká a tvůrčí činnost ve výzkumu, poskytování poradenství či vzdělávání v oblasti organické chemie. Organický chemik může najít uplatnění v ochraně životního prostředí, vývoji nových léků, paliv, energie a potravin, biotechnologii, vývoji udržitelných inovativních materiálů, nových produktech s přidanou hodnotou z recyklace a obnovitelných zdrojů v soukromém, veřejném nebo akademickém sektoru.
Absolventi jsou v současné době žádaní především na pracovištích Ministerstva zdravotnictví, životního prostředí, hospodářství a školství (VŠ, SŠ a ZŠ) nebo akademické obce (veřejná a soukromá výzkumná a vývojová pracoviště). Dále jsou absolventi uplatnitelné v podnicích s chemickou, farmaceutickou nebo biotechnologickou výrobou, společnostech zlepšujících zemědělskou výrobu, využívajících ekologicky přijatelné a udržitelné metody výroby energie, potravin, substrátů a látek, dekontaminujících životní prostředí znečišťujícími látkami přírodního a antropogenního původu.