Ukončením třetího stupně vysokoškolského studia v rámci studijního programu Fyziologie rostlin získá student nejnovější poznatky z fyziologie rostlin s důrazem na strukturu a fyziologické funkce rostlinného organismu od molekulární a subcelulární úrovně přes rostlinu jako celek až po fungování shluků jedinců. Získání přehledu o mechanismech a významu základních fyziologických procesů, funkční cytologii a anatomii rostlin, roli buněčných struktur, tkání a orgánů v jednotlivých fyziologických procesech a mechanismech jejich regulace umožní studentovi zapojit se do řešení vědeckých problémů v oboru na všech úrovních od jednotlivých molekulárně-biologických a metabolických procesů až po životní projevy celé rostliny. Veškeré získané teoretické znalosti a praktické dovednosti při práci s experimentálním materiálem, které získá při zpracování disertační práce, mohou být využity v jakémkoliv typu experimentální práce v oblasti fyziologie rostlin. Část práce je zaměřena na molekulárně-biologickou interpretaci životních funkcí rostlinných buněk a tkání a jejich regulaci od změny genové aktivity až po jejich konečné projevy. Důraz je kladen na metabolickou funkci prostřednictvím kontroly genové exprese, regulace a kompartmentace enzymů, syntézu a degradaci proteinů, metabolismus uhlíku s důrazem na metabolismus plastidů a mitochondrií a jejich interakci s cytosolem, metabolismus dusíku včetně fixace metabolismu vzdušného dusíku, fosforu a síry a perspektivy zlepšení rostlin metodami genetického inženýrství. Zároveň absolvent získá praktické zkušenosti se zpracováním, interpretací a vhodným porovnáním získaných experimentálních výsledků s poznatky publikovanými ve významných vědeckých časopisech. Absolvent je schopen nastínit možné a žádoucí výzkumné cíle, navrhnout metodologický výzkumný záměr a zároveň jej realizovat, čímž získá unikátní poznatky, které napomohou pokroku vědy, výzkumu a společnosti jako celku. Prezentací svých experimentálních výsledků na domácích i mezinárodních vědeckých akcích získává odbornou erudici v mluveném projevu a vědeckém vyjadřování. Zároveň je schopen prezentovat své výsledky písemně ve světových vědeckých periodikách. Zapojení studenta do řešení vědeckých projektů pracoviště mu často umožňuje získat kontakty a možnost rozšířit si vědecký obzor na mnoha zahraničních vědeckých institucích. Školitel dále určuje nejdůležitější oblasti vědeckých problémů daného studijního programu s ohledem na téma disertační práce. V rámci studia si student také osvojí nejnovější metodické postupy používané v oblasti fyziologie rostlin. Získané poznatky by měly být využity v praxi ve výzkumu a vědeckém výzkumu po ukončení studia.

Absolventi doktorského studia jsou způsobilí k výkonu povolání rostlinného fyziologa – znalce (Plant Physiologist – expert; Vědec fyziologie rostlin), stejně jako povolání vysokoškolského pedagoga, odborného asistenta univerzity a specialisty v oblasti biologických věd. Ovládají vědecké metody výzkumu v oblasti fyziologie rostlin, signálních drah fyziologických procesů, explantátových kultur, sledování transportu látek v rostlinách a jejich transformace, růstu a diferenciace rostlinných buněk, metabolismu rostliny a jejího chování v podmínkách biotického a abiotického stresu. Studuje strukturu a funkce rostlinného organismu na různých úrovních j.Strukturní organizace od subcelulární (molekulární) úrovně až po úroveň organismu se zaměřením nejen na molekulární podstatu jednotlivých událostí, ale zejména na vzájemné vztahy a mechanismy, které se podílejí na realizaci odezvy rostliny na úrovni celého organismu. Ovládá biochemické, analytické metody, metody světelné a elektronové mikroskopie, které kombinuje s metodami molekulární biologie a genetiky. Výsledky jeho tvůrčí experimentální práce přispívají nejen k rozvoji vědy a vědeckého poznání, ale mohou být využity i v aplikovaném výzkumu, zejména v zemědělství, lesnictví, zahradnictví a ochraně životního prostředí. Využitím ve šlechtění a genetickém inženýrství se mnohé z výsledků mohou stát zdrojem pro tvorbu nových kultivarů rostlin, které jsou nejen výkonnější, ale především vhodnější pro prostředí zatížené negativními důsledky lidské činnosti nebo měnícími se podmínkami prostředí.