Specialista biolog – mikrobiologie a virologie má širokou škálu znalostí ze všech oblastí biologických věd, z chemických věd a v rámci širšího vědeckého základu také z matematiky, fyziky a hraničních vědních disciplín. Ovládají speciální metody vybraných vědních disciplín a jejich aplikaci do různých oblastí biologického výzkumu, mají důkladnou znalost struktury a vlastností živých systémů, umí modelovat biologické procesy a prakticky využívat znalosti v různých oblastech společenské praxe. Absolventi oboru mikrobiologie a virologie (3. stupně) mají znalosti vybraných úžeji zaměřených biologických věd, jako jsou: virologie, molekulární biologie, imunologie, mikrobiologie, biotechnologie, mají znalosti z několika hraničních vědních disciplín a mohou je využít při řešení praktických úkolů. Součástí vzdělávání ve třetím stupni bude také nabídka kurzů osobnostního rozvoje, manažerských dovedností a kompetencí.
Absolvent získá praktické schopnosti a dovednosti, zejména
používat a rozvíjet metody virologických, mikrobiologických, biochemických a molekulárně-biologických disciplín;
- práce s vybavením a materiálem používaným v základním a aplikovaném virologickém, mikrobiologickém a molekulárně-biologickém výzkumu;
- analyzovat data získaná v experimentálním výzkumu - na základě získaných dat a s využitím domácí i zahraniční vědecké literatury mohou napsat vědecký projekt

- vést vědecký tým a pracovat ve vedoucích pozicích.

Absolventi doktorského studijního programu Mikrobiologie a virologie nacházejí uplatnění na různých pozicích ve zdravotnictví, diagnostických laboratořích, farmaceutických firmách, ústavech Slovenské akademie věd, orgánech státní správy a samosprávy (Úřad veřejného zdraví, Krajský úřad veřejného zdraví, Státní ústav pro kontrolu léčiv, Státní zdravotní ústavy, Státní veterinární a potravinářský ústav atd.), na různých pozicích zaměřených na tvorbu a ochranu životní prostředí, společnosti obchodující s chemickými látkami a laboratorními materiály a ministerstva, potravinářská a průmyslová mikrobiologie (laboratoř potravinářské mikrobiologie, speciální mikrobiologická laboratoř, národní referenční laboratoř pro salmonelózu, národní referenční laboratoř pro choroby drůbeže), jakož i ministerstva a orgány Evropské komise.
Mezi další profese patří: laboratorní diagnostika, mikrobiologický laborant, klinický mikrobiolog, mikrobiolog pitné a odpadní vody, mikrobiolog životního prostředí, mikrobiolog regionálních podniků a provozů, specialista oddělení výroby vakcín, výzkumný a vývojový pracovník v oblasti mikrobiologie, výzkumný a vývojový pracovník v oblasti virologie, laboratorní technik biochemik.