Absolventi třetího stupně studijního programu Biochemie jsou schopni samostatně nebo jako člen týmu řešit problémy v oblasti analýzy struktury a funkce biologických a biologicky významných molekul, jakož i procesů spojených s jejich přeměnou v živé organismy. Během studia získal teoretické znalosti a praktické zkušenosti v oblasti biochemie a příbuzných vědních disciplín. Vzhledem k tomu, že klíčovým prvkem vzdělávání a výcviku na tomto stupni studia jsou vlastní vědecko-výzkumné aktivity doktorandů (vyhledávání a zpracování odborné literatury, zvládnutí moderních experimentálních metod a technik, kontrola laboratorních přístrojů a zařízení v biochemické laboratoři, samostatná experimentální práce, získávání a analýza vlastních experimentálních dat, prezentace a sdělování dosažených výsledků), je absolvent schopen realizovat vědecké výzkum, umí formulovat a řešit vědecké problémy, kriticky zhodnotit získaná řešení a prezentovat dosažené výsledky. Absolvent ovládá chemické, biologické a biomedicínské metody vědecko-výzkumné práce, etické a sociální aspekty vědecké práce, jakož i principy vědecké a pedagogické činnosti. Po ukončení studia mu tato zkušenost umožňuje řídit týmy pracovníků v této oblasti, samostatně vést výzkumné projekty a převzít odpovědnost za komplexní řešení.

Absolventi doktorského studijního programu Biochemie jsou kvalifikováni pro výkon povolání biochemika, vědecko-výzkumného, pedagogického a manažerského pracovníka v oblasti biochemie, biotechnologií a biomedicínského výzkumu v širokém spektru profesí na pracovištích v rámci Slovenské akademie věd, vysokých škol, Ministerstva zdravotnictví, zemědělství a lesnictví, potravinářského, chemického a farmaceutického průmyslu, životního prostředí, firem obchodujících s chemickými látkami a laboratorní materiál a podobně. Vzhledem k interdisciplinárnímu charakteru oboru a širokým znalostem může absolvent snadno najít uplatnění jako chemik v jiných profesích a jako biolog, kde je vyžadován přesný přístup a laboratorní dovednosti. Jsou kvalifikováni pro přímý výkon povolání, například jako:
výzkumný pracovník v oblasti biochemie, biotechnologie a biomedicínského výzkumu, biochemik v provozních a vývojových laboratořích v potravinářském, farmaceutickém a biotechnologickém průmyslu, zemědělských a veterinárních zařízeních,
- biochemik ve společnostech obchodujících s farmaceutickými, potravinářskými,
agrotechnickými a biotechnologickými produkty.

Podle statistických údajů MŠMT Slovenské republiky o zaměstnávání absolventů středních a vysokých škol od roku 2019 pro absolventy studijních programů Chemie a biochemie Přírodovědecké fakulty Univerzity Komenského je 71 % studentů zaměstnáno ve svém oboru, 4 % pracují na základě dohody a 25 % pokračuje ve studiu. Pro zaměstnávání absolventů jsou uvedeny 3 špičkové sektory: zdravotnictví a sociální služby (44%), odborné, vědecké a technické činnosti (25%) a průmyslová výroba (13%). Ekonomicky aktivní absolventi byli 0% nezaměstnaní a trvalo 23 dní, než našli stálé zaměstnání. Biochemie je moderní neustále se rozvíjející interdisciplinární obor, jehož výsledky jsou důležité nejen v oblasti chemie a biologie. Vzhledem k tomu, že biochemie je dnes nejrychleji se rozvíjející částí chemie a biologie a budoucnost technologie je obecně vidět v biotechnologii, naše ekonomika bude schopna absorbovat neomezený počet absolventů. Rozvoj oboru je úzce spjat s odvětvími, která jsou v primární sféře zájmu vědeckého a technologického rozvoje, jako je zdravotnictví, výživa a biotechnologie.