Absolventi, kteří absolvovali magisterský titul v oboru paleontologie nebo v příbuzném orientovaném magisterském studijním programu, mohou být přijati ke studiu. Studijní plán se skládá z předmětů zaměřených na konkrétní zadání disertační práce, samostudia na téma související odborné literatury a odborných konzultací na danou problematiku s domácími i zahraničními odborníky. Student získává praktické zkušenosti spoluprací na vědeckých projektech a ve spolupráci s odbornými společnostmi a státními institucemi v oboru. Absolvent je schopen pracovat samostatně, vědecky a tvořivě, umí navrhovat a aplikovat nové metody a postupy při řešení problémů v souladu se světovými trendy a poznatky. Získané poznatky jsou zpracovány a prezentovány pomocí moderních technologií. Hlavní témata jádra poznání mu poskytují teoretický a metodologický aparát umožňující vědecký výzkum, formulaci vlastních metodologických postupů pro řešení výzkumných a vědeckých problémů, jejich tvůrčí aplikaci v praxi, tvorbu informačních systémů a aplikačních databází. Jsou schopni navrhovat metody zpracování dat a prezentovat výsledky své vědecko-výzkumné činnosti na domácích i mezinárodních fórech ve vědeckých i odborných kruzích, popularizovat a přibližovat obor studia a výsledky výzkumu široké veřejnosti. Při navrhování metod a postupů si je vědom etických, právních a environmentálních aspektů navrhovaného způsobu řešení problému a aplikuje je v souladu s principy udržitelného rozvoje. Uplatňuje principy vědecké práce a zavazuje se: využití výzkumu v praxi – ochrana. Součástí vzdělávání ve třetím stupni bude také nabídka kurzů osobnostního rozvoje, manažerských dovedností a kompetencí. Ovládají metody paleontologického a geologického výzkumu, umí navrhovat a realizovat řešení metodologických, výzkumných a praktických problémů. Navrhuje řešení výzkumných projektů, samostatně provádí terénní výzkum, provádí laboratorní práce, pracuje s moderními tematickými databázemi a grafickými a statistickými programy.

Absolventi studijního programu Paleontologie jsou schopni analyzovat a interpretovat fosilní záznam v souladu s nejnovějšími poznatky paleontologického výzkumu a s vysokou mírou kreativity a nezávislosti, mohou zvládnout taxonomický a systematický výzkum fosilních organismů a využít je pro datování sedimentárních komplexů založených na významných globálních bioudálostech. Na základě analýzy obličeje může pozorovat měnící se fosilní asociace a celá společenstva dlouhověkých rostlin, obratlovců, mikro- a nanofosilních organismů a interpretovat tak podmínky a variabilitu prostředí, ve kterých se život vyvíjel. Nedílnou součástí studia budou povinné stáže na tuzemských či zahraničních institucích (prostřednictvím CEEPUS, ERASMUS a dalších projektů).

Absolventi se mohou uplatnit v následujících organizacích a oblastech doma i v zahraničí:
• vysoké školy jako jsou univerzity, ústavy SAVS a další resortní výzkumné organizace přírodních věd• ministerstva a orgány státní správy
• regionální a místní samospráva

• přírodopisná a vlastivědná muzea
• státní a soukromé výzkumné organizace geologického a paleontologického a environmentálního zaměření
• archeologické a environmentálně-ekologické instituce a společnosti
• organizace zaměřené na ochranu přírody
• cestovní ruch, geoparky, geoturistiku a muzeologii
• státní a soukromé organizace zabývající se obnovou a konzervací, ochranou kulturního a přírodního dědictví.