Absolventi studijního programu Půdní ekofyziologie získají vzdělání třetího stupně se zaměřením na moderní procesně orientovanou pedologii, která je tradiční součástí geologických a geografických věd v oblasti věd o Zemi. Absolvent ovládá nejnovější teoretické a metodologické poznatky v oblasti výzkumu půdy. Zároveň má rozsáhlé odborné znalosti v různých oblastech pedologie, které zahrnují chemii půdy, fyziku půdy, půdní mikrobiologii, a je také schopen hodnotit vztahy a interakce v systému půda-rostlina. Tyto znalosti slouží jako základ pro provádění výzkumu a vytváření nových poznatků v oblasti pedologie a půdní ekofyziologie. Ovládají principy vědecké práce, vědeckou formulaci problému, etické a sociální aspekty vědecké práce. Jsou schopni samostatně tvořivě pracovat, rozvíjet teorii a metodologii v oblasti procesně orientované pedologie a přispívat k tvorbě nových poznatků.
Absolvent je schopen formulovat vědecké problémy a hypotézy, určit teoretický rámec, konkrétní metodologický postup řešení, kriticky zhodnotit dosažené výsledky a formulovat závěry a strategie pro další výzkum půdních procesů a interakcí. Absolvent má rozsáhlé znalosti moderních metod a nástrojů studia fyzikálních, chemických a biologických vlastností a procesů v půdách. Jsou schopni vyhodnotit a ověřit vhodnost aplikace metod při řešení konkrétních vědeckých a praktických problémů, pochopit limity jejich použití. Jsou schopni využívat a dále zdokonalovat tyto metody a nástroje při hodnocení a optimalizaci řešení akademických problémů a při hledání nových poznatků a technologií. Na základě svých výstupů a zjištění je schopna navrhovat, ověřovat a implementovat nové výzkumné a pracovní postupy v širších souvislostech a možných důsledcích navrhovaných řešení. Tyto postupy mohou prezentovat formou výstupů výzkumu, jako jsou publikace či výzkumné zprávy, a výsledky transformovat do doporučení pro společenskou praxi, jako jsou rozhodnutí, plánovací dokumenty či veřejné politiky.
Součástí vzdělávání ve třetím stupni bude také nabídka kurzů osobnostního rozvoje, manažerských dovedností a kompetencí. Absolvent se vyznačuje samostatným, kritickým a analytickým myšlením, které uplatňuje v měnících se a nepředvídatelných podmínkách. Zohledňuje sociální, vědecké a etické aspekty při formulování výzkumných záměrů a interpretaci výsledků výzkumu půdy. Mohou kriticky zhodnotit výsledky výzkumu v oblasti výzkumu půdy a komplexních interakcí mezi půdou a dalšími složkami životního prostředí. Své výsledky může prezentovat mezinárodní odborné veřejnosti. Jsou schopni se společensky angažovat ve prospěch přijetí vhodných řešení. Jsou schopni komplexně posoudit etický, sociální, environmentální, ekonomický, politický a kulturní kontext řešených problémů. Díky svým zkušenostem s interdisciplinárním charakterem půdního výzkumu je schopen určit zaměření výzkumu a koordinovat interdisciplinární výzkumné týmy.
Vzhledem k tomu, že se jedná o jediné specializované studium zaměřené na problematiku půd a jejich interakci s vegetací a dalšími složkami životního prostředí, najdou absolventi uplatnění v širokém spektru výzkumných a vědeckých institucí, případně na výzkumně orientovaných vysokých školách. Jako vědci a výzkumní pracovníci najdou uplatnění v resortních výzkumných ústavech při řešení úkolů v oblasti ochrany životního prostředí, územního plánování a pozemkových úprav. Jako výzkumní pracovníci v institucích, kterými se zabýváa otázky nakládání s odpady a které navrhují optimální způsoby nápravy oblastí s kontaminovanou nebo jinak degradovanou půdou. V oblasti vodního hospodářství budou využity při řešení problémů souvisejících s hydrologií půdy. Patří mezi ně řešení pro zlepšení půdy a zavlažovací systémy, návrh protipovodňových opatření a moderní přístupy k integrované správě povodí. Absolventi prezentovaného studijního programu se také uplatní v několika ústavech Slovenské akademie věd a na vědeckých, výzkumných nebo pedagogických pozicích na vysokých školách výzkumného charakteru, které na vysoké úrovni řeší vědecké problémy související s půdami.