V době ukončení magisterského studijního programu Biomedicínská fyzika si student osvojuje speciální metody fyzikálních, biomedicínských a hraničních vědních disciplín a jejich aplikace v různých oblastech biomedicínského výzkumu a biomedicínské praxe. Zvládnou také metody fyzikálního vyšetření a léčebných přístupů, metody zpracování biologických signálů a lékařské zobrazování. umí samostatně řešit teoretické problémy založené na odpovídajících matematických metodách, včetně tvorby matematických modelů, navrhovat a realizovat počítačové simulace fyzikálních a biomedicínských jevů, ovládá alespoň jeden programovací jazyk, statistické zpracování dat, tabulkové procesory, zpracování textu, hypertexty, grafickou prezentaci a publikaci výsledků, umí komunikovat v cizím jazyce i na odborné úrovni (fyzika, matematika, biologie, chemie, lékařství). Absolvent je schopen samostatně pracovat v interdisciplinárních týmech nemocnic, zdravotnických zařízení nebo specializovaných laboratoří (včetně řídících funkcí), ve kterých může používat náročná diagnostická zařízení, vnímat, zpracovávat a vyhodnocovat signály, rozvíjet a zdokonalovat metody fyzikální a fyzikálně-chemické terapie. Mohou také samostatně pracovat v interdisciplinárních vědeckých týmech vysokých škol či výzkumných ústavů i v dalších oblastech společenské praxe, kde mohou navrhovat, provozovat a posuzovat složitá experimentální a technologická zařízení, řešit různé matematické, fyzikální a biomedicínské úkoly, vytvářet počítačové modely a využívat informační systémy v medicíně. Jsou schopni samostatně zpracovávat, publikovat a dalšími metodami prezentovat výsledky vědecké a odborné činnosti, mohou také šířit fyzikální a biomedicínské poznatky na srozumitelné úrovni mezi laickou veřejnost. Všechny získané znalosti, schopnosti a dovednosti jsou budovány a rozšiřovány s důrazem na lidskost, respekt k lidským právům, etice chování a s ohledem na ekonomické, právní a sociální souvislosti, což se odráží v zařazení odpovídajících předmětů do společného základu a možnosti volby s tímto zaměřením v průběhu studia.
Při navrhování metod a přístupů si je absolvent vědom etických, právních a environmentálních aspektů navrhovaného způsobu řešení problému a aplikuje je v souladu s principy udržitelného rozvoje. Uplatňuje principy vědecké práce a souvislosti: věda - bádání - využití v praxi - ochrana.
Studium ve druhém stupni vytváří předpoklady pro pokračování studia ve třetím (doktorském) stupni.
Studijní plán se skládá z povinných, povinně volitelných a povinně volitelných předmětů. Povinné předměty zahrnují ty, které jsou nezbytné pro zvládnutí fyzické i zdravotní části programu a určují stanovený profil absolventa. Profilovými předměty studijního programu jsou povinné předměty studijního programu: Experimentální metody lékařské fyziky (1,2), Metody zpracování biosignálů a počítačové grafiky (1), Zdravotnická a lékařská informatika, Molekulární biofyzika, Speciální praktikum z biomedicínské fyziky (1,2), Základy a aplikace optické spektroskopie, Patologická anatomie, Patologická fyziologie, Diplomová práce (1,2). Předměty státní zkoušky jsou také profilové. Mezi povinné předměty patří také Diplomová práce a seminář k ní, Seminář k ročnímu projektu.
Studijní program dále nabízí široký výběr povinně volitelných předmětů zaměřených na různé oblasti biomedicínské fyziky: metody zpracování biosignálů a počítačová grafika (2), Fyzikální chemie a elektrochemie, Kvantová teorie molekul, Základy biomechaniky, Lékařská biofyzika, Radiační biofyzika, Fotobiofyzika a fototerapie, Základy dozimetrie, Aplikace ionizujícího záření a radionuklidů v medicíně, Základy magneticko-rezonanční spektrometrie a tomografie, Návrh experimentů a studií v Biomedicínský výzkum, Biomedicínské aplikace ultrazvuku, účinky ionizujícího záření na živý organismus a ochrana před zářením, Nanostruktury v biofyzice a medicíně.
Vybrané přednášky umožní studentovi rozšířit si obzory a znalosti v požadovaném zaměření a zvolit si předměty přímo související se zaměřením diplomové práce a vizí jeho dalšího osobního profesního směřování. Mnohé z přednášek jsou také nabízeny a vyučovány externími odborníky nebo ve spolupráci s nimi.
Absolventi magisterského studijního programu Biomedicínská fyzika nemají problémy (dosud získané zkušenosti s absolventy dvacetiletého magisterského studia) s uplatněním v oboru nebo s využitím získaného vzdělání v širokém spektru příbuzných oborů. Nejtypičtějšími příklady aplikace biomedicínských fyziků jsou:
- zdravotnická zařízení nebo specializované laboratoře (provoz zdravotnické techniky, snímání, zpracování a vyhodnocování signálů, účast na zdokonalování metod fyzikální terapie)
- základní výzkum (SAS, mezinárodní výzkumná centra, světová a domácí vědecká centra)
- environmentální a hygienická zařízení (odběr vzorků a analýza radioaktivity, znečištění životního prostředí, radiační ochrana ...)
- Vývojové laboratoře
- farmaceutické skupiny
- obchodní společnosti zdravotnického technického vybavení a laboratorního vybavení
- vývojové a výrobní podniky
- IT společnosti specializující se na zdravotnické prostředky a hodnocení
.