Absolventi magisterského studijního programu Teoretická fyzika mají rozsáhlé znalosti pojmů a myšlenek teoretické fyziky a ovládají masivní matematický aparát používaný k řešení složitých fyzikálních problémů. Má důkladnou znalost simulačních metod a je schopen pracovat s pokročilým softwarem. Mohou připravit projev na téma z oblasti, kterou se zabývají, stejně jako prezentovat výsledky své vlastní práce. Absolvent se zaměřením Elementární částice má přehled o současných poznatcích o struktuře hmoty, jak je prezentuje kvantová teorie pole a na něm založený standardní model elementárních částic. Během studia se obvykle věnuje výzkumu možných rozšíření standardního modelu, který je vyvíjen v úzké souvislosti s experimenty na urychlovačích v CERNu, a v případě rozsáhlejší spolupráce s CERNem má zkušenosti s moderními sdílenými programovacími a výpočetními metodami, jako je Monte Carlo. Absolvent se zaměřením na matematickou fyziku a gravitaci ovládá formální přístupy ke studiu otevřených problémů v celém spektru fyzikálních teorií od kvantové teorie pole až po teorii pevných látek. Je také obeznámen se současným stavem znalostí o otázkách spadajících pod obecnou teorii relativity, zejména o fyzice černých děr a konstrukci a vývoji vesmíru, a má přehled astronomických pozorování, která byla klíčová pro pochopení událostí ve vesmíru, jako jsou pozorování anizotropií záření kosmického pozadí a nedávná detekce gravitačních vln vyplývajících ze splynutí černých děr. Absolvent se specializací Fyzika vícečástic má detailní představu o současném stavu poznání vlastností pevných látek při velké variabilitě vnějších podmínek. Je zběhlý v moderních postupech pro zvládnutí složitosti vícečásticových systémů, stejně jako v pokročilých matematických metodách, kterými jsou tyto systémy popisovány.
Studijní program je soubor předmětů a soubor pravidel sestavených tak, aby úspěšné absolvování předmětů při dodržení pravidel umožnilo studentovi získat vysokoškolské vzdělání. Pro každý studijní program je stanoven doporučený studijní plán, po jehož absolvování student splní podmínky pro úspěšné ukončení studia v jeho standardní délce.
Tvorba studijního plánu je obvykle založena na modulárním (blokovém) principu tak, aby studenti mohli průběžně přizpůsobovat zaměření v rámci zvoleného studijního oboru a rozšiřovat rozsah studia. Studijní plán je rozdělen na povinné, povinně volitelné a povinně volitelné předměty. Předmět je tvořen jednotlivými samostatnými vzdělávacími aktivitami zaměřenými na poskytování vzdělávání ve vymezené oblasti, případně jejich kombinací. Profilové předměty studijního plánu jsou povinné nebo povinně volitelné předměty a po jejich absolvování student získá znalosti a dovednosti, které jsou nezbytné pro ukončení studijního programu.
Aktualizace studijních programů reflektující vývoj v oboru je prováděna volitelnými předměty, které umožňují využití krátkodobé přítomnosti nefakultních odborníků ve výukovém procesu. Zařazení několika (volitelných) předmětů do programů je reakcí na konstruktivní připomínky studentů a jejich zájem o určitou oblast.
Absolvent magisterského studijního programu Teoretická fyzika ovládá rozsáhlý matematický aparát v úzké návaznosti na teoreticko-fyzikální metody a postupy pro řešení složitých problémů v systémech složených ze vzájemně se ovlivňujících dílčích částí, které se vyskytují ve všech oblastech lidské činnosti a poznávání. Jedná se především o takové systémy, kde detailní znalost reakce na vnější intervence vyžaduje použití teoretických abstrakcí.
Absolventi najdou uplatnění nejen na přírodovědných a technických univerzitních pracovištích a výzkumných ústavech, ale budou schopni se prakticky přizpůsobit i v dalších oblastech technického, ekonomického nebo sociálního charakteru.