Absolventi doktorského studijního programu Aplikovaná matematika ovládají vědecké metody a výzkumné postupy související s aplikacemi matematiky v přírodních vědách (fyzika, biomatematika), teoreticko-ekonomických a finančních vědách a dalších oblastech aplikovaného matematického výzkumu. Kromě znalostí moderních i tradičních matematických postupů má absolvent přehled i o dalších vědních disciplínách (např. fyzikální modelování, biomatematika, teoretická ekonomie, matematické finance, operační analýza, pravděpodobnost a matematická statistika). Absolvent má schopnost navrhovat a analyzovat matematické modely ve vybrané výzkumné disciplíně. Absolvent ovládá na pokročilé úrovni práci s počítačem, programování a práci s moderním matematickým, statistickým a finančním softwarem. Obsahové zaměření disertačních prací je zaměřeno především na pokročilou teoretickou analýzu a aplikace matematicko-statistických metod v oblasti matematického modelování.
Studijní program a jeho studijní plán zohledňují poslání, ale i cíle stanovené FMPI UK v oblasti vědy a výzkumu a zejména v oblasti vzdělávání (v Dlouhodobém plánu FMPI UK). Studijní program byl vytvořen nebo inovován v souladu s trendy ve vývoji podobně zaměřených programů v Evropě a ve světě. Současně byl program vytvořen v souladu s potřebami praxe, proto jedním z hlavních aspektů při navrhování předmětů byl aspekt použitelnosti znalostí a kompetencí v reálné praxi. Absolvent má systematický, komplexní a komplexní soubor znalostí ve specializované oblasti, včetně znalostí a porozumění vztahům k jiným částem oboru a oborům příbuzným, má hluboké znalosti teorií, sofistikovaných metod a postupů vědy a výzkumu na úrovni odpovídající mezinárodním kritériím.
Studijní plán je sestaven tak, aby studenti mohli během studia absolvovat akademickou mobilitu v zahraničí, neboť fakulta má uzavřené smlouvy a mezinárodní výzkumné projekty s několika partnerskými univerzitami, které mají příbuzné studijní programy.
Pro studijní program je stanoven doporučený studijní plán, který je sestaven tak, aby jeho ukončením student splnil podmínky pro úspěšné ukončení studia v jeho standardní délce. Studijní plán je rozdělen na povinné a povinně volitelné předměty. Plán je doplněn vědeckou, výzkumnou a pedagogickou činností doktorandů. Předmět je tvořen jednotlivými individuálními vzdělávacími aktivitami nebo jejich kombinací, které jsou zaměřeny na poskytování vzdělávání ve vymezené oblasti, která je uvedena v informačním listu příslušného předmětu. Profilové předměty studijního plánu patří k povinným nebo povinně volitelným předmětům a jsou nastaveny tak, aby student po jejich absolvování získal znalosti a dovednosti, které jsou nezbytné pro vymezený profil absolventa. Spolu s dalšími vzdělávacími aktivitami nabízenými studentovi v jiných předmětech umožní studentovi přístup ke znalostem a dovednostem relevantním pro dosažení výsledků učení v profilu absolventa a jeho osobní a profesní rozvoj. Těžištěm studijní části je individuální studium literatury stanovené školitelem. Součástí studia je také úspěšné absolvování přednášek ve vybraných předmětech. Obsahem vědecké části je příprava disertační práce. Práce by měla prokázat připravenost doktoranda vědecky pracovat buď originálním matematickým výsledkem, nebo originální aplikací matematické teorie ve vybrané vědní disciplíně, jako je fyzika, biomatematika, teoretická ekonomie a finance. Výsledek práce by měl být publikovatelný v recenzovaném vědeckém časopise v oblasti matematiky nebo v oblasti její aplikace. Další součástí studia je aktivní účast na pravidelných vědeckých seminářích, jejichž výběr pro doktoranda určuje školitel. Hodnocení doktoranda může zároveň zahrnovat jeho účast na domácích i mezinárodních konferencích a letních/zimních školách, prezentaci příspěvku na konferenci a publikaci článku v recenzovaném časopise.
Hlavním cílem doktorského studia je připravit se na samostatnou vědeckou práci. Proto je zaměstnávání absolventů na katedrách matematiky na vysokých školách doma i v zahraničí. Mohou najít uplatnění ve výzkumných ústavech Slovenské akademie věd i v zahraničí. Dále se absolventi úspěšně uplatní ve specializovaných analytických týmech Vlády Slovenské republiky, Institutu finanční politiky, Oddělení efektivnosti nákladů a dalších. Pracují a vedou špičkové analytické týmy v tuzemských i mezinárodních bankovních institucích. Zvládnutí vědecko-výzkumných technik a aktivní zapojení do výzkumu již během studia umožňuje našim absolventům najít uplatnění ve vedoucích pozicích finančních institucí, technologických společností a konsorcií.