Absolventi doktorského studijního programu Diskrétní matematika ovládají teoretické základy diskrétní matematiky a vědecké metody výzkumu v této oblasti. Jsou schopni objevovat hluboké zákonitosti v diskrétních strukturách a navrhovat diskrétní matematické modely úloh z různých vědních oborů a řešit je na počítači. Jsou zdatní v několika způsobech prezentace výsledků výzkumu, včetně publikování ve vědeckých časopisech a prezentace na vědeckých konferencích. Jsou schopni zůstat v kontaktu s pokrokem ve svých oborech a pokračovat ve svém vědeckém růstu.
Cílem studijní části je získání nejdůležitějších poznatků a metod jedné z několika oblastí moderní diskrétní matematiky a příbuzných disciplín. Důraz je kladen na individuální studium literatury stanovené školitelem, které se uskutečňuje v rámci povinného předmětu "Předmět specializace" s hodnotou 20 kreditů. V rámci studijní části programu musí student také úspěšně absolvovat povinně volitelné předměty s minimální hodnotou 20 kreditů. Výběr povinně volitelných předmětů je přizpůsoben tématu disertační práce, případně znalostem a zájmům doktoranda. Nabídka povinně volitelných předmětů umožňuje doktorandům zaměřit se na různé směry a oblasti současné diskrétní matematiky, např. klasickou teorii grafů (Vybrané kapitoly z moderní teorie grafů, Topologickou teorii grafů, Algebraickou teorii grafů), algebraické a topologické metody v diskrétní matematice (Pokročilá lineární algebra, Algebraická teorie grafů, Vybrané kapitoly z teorie grup, Topologická teorie grafů), algoritmické aspekty diskrétní matematiky (Algoritmické řešení obtížné problémy, pravděpodobnostní metody v kombinatorice, Metody teorie grafů v informatice, Výčet diskrétních struktur) a další.
Vědecká část je klíčovou součástí vzdělávacího procesu ve studijním programu. Jeho cílem je připravit studenta na samostatnou výzkumnou nebo vývojovou práci. Trenér v tom hraje zásadní roli. Ve studijním plánu je tato část reprezentována předměty Vědecká činnost (1)-(7), které jsou povinnými předměty v každém semestru studia s výjimkou posledního (osmého) semestru. Předměty Vědecká činnost (1)-(3) mají hodnotu 5 kreditů a probíhají převážně v období před složením disertační zkoušky. V rámci těchto předmětů se student seznámí s konkrétními výzkumnými problémy souvisejícími s tématem jeho disertační práce, přičemž průběžně řeší zadané problémy a postupně dosáhne vlastních vědeckých výsledků. Předměty Vědecká činnost(4)-(7) mají hodnotu 20 kreditů a probíhají v období po složení disertační zkoušky. V rámci těchto předmětů student pracuje samostatně pod vedením školitele, samostatně řeší problémy související s tématem své disertační práce a dosahuje cenných vědeckých výsledků. Školitel vede studenta k tomu, aby se svými vědeckými výsledky hovořil na vhodné domácí nebo mezinárodní konferenci. Součástí vědecké přípravy je také pravidelná aktivní účast na vědeckých seminářích a získávání zkušeností v rámci mobility, která probíhá prostřednictvím povinně volitelných předmětů Vědecký seminář (1)-(7) a Mobilita doktorandů. Jeden z těchto předmětů musí být zapsán v každém semestru svého studia s výjimkou posledního. Předmět Mobilita doktorandů si může doktorand zapsat opakovaně.
Vyvrcholením vědecké přípravy je disertační práce.
Studijní plán může být doplněn samostatným studiem literatury, volitelnými předměty a zejména v případě studentů denního studia pedagogickou činností.
